À partir du 1er avril 2025,RegioJet mettra en service la nouvelle ligne ferroviaire de banlieue S61 entre la gare centrale de Prague et Úvaly.
Le nouveau service S61 fonctionnera à des intervalles de 30 minutes pendant les heures de pointe en semaine et toutes les heures pendant les heures creuses. Les services du week-end seront assurés toutes les heures, de la gare centrale de Prague à Praha-Vršovice. Les arrêts de la ligne sont Praha-Libeň, Praha-Kyje, Praha-Dolní Počernice, Praha-Běchovice, Praha-Běchovice střed, Praha-Klánovice, et Úvaly. Cette ligne devrait permettre de décongestionner le corridor oriental depuis le centre de Prague.
Le retard dans la livraison des nouvelles unités électriques a également eu un impact sur les opérations de la ligne ferroviaire urbaine existante S49, reliant Praha-Hostivař à Roztoky u Prahy en passant par Praha-Libeň et Praha-Holešovice. RegioJet a repris ce service à partir du 15 décembre 2024, en utilisant temporairement des trains diesel loués à l'opérateur Arriva. L'introduction prévue de nouveaux trains électriques Pesa à trois voitures sur la ligne S49 débutera également le 1er avril 2025, avec des trains déjà en service d'essai.
RegioJet a obtenu l'exploitation des lignes S61 et S49 à la suite d'un appel d'offres public organisé en 2021, avec un contrat d'une durée de 15 ans. Le retard dans le processus d'autorisation des trains Pesa pour le réseau ferroviaire tchèque a entraîné un report d'environ trois mois et demi. L'organisateur de transport intégré de Prague, ROPID, a annoncé des pénalités contractuelles pouvant aller jusqu'à 292 500 EUR à l'encontre de RegioJet en raison du retard dans le démarrage des opérations sur la ligne S61.