L'audit a révélé que certains projets ont été retardés de plusieurs années, ce qui a eu un impact significatif sur la croissance des coûts. Par exemple, pour la reconstruction de 59 projets prioritaires, considérés comme essentiels pour la réalisation des objectifs stratégiques et des engagements internationaux, le ministère de la défense prévoyait des coûts de 226,5 milliards de couronnes tchèques en 2013. Or, l'estimation actuelle est déjà de 441 milliards de couronnes tchèques, soit 95 % de plus. Seuls 9 des 39 projets définis, soit moins d'un quart, ont été achevés dans les délais.
Le retard affecte également les projets du réseau transeuropéen de transport, ce qui risque de compromettre l'objectif fixé par le règlement de l'UE, selon lequel les lignes du principal réseau transeuropéen doivent être modernisées d'ici à 2030. Il s'agit notamment des lignes Brno - Přerov, et Prague - Kladno avec une connexion à l'aéroport Václav Havel de Prague.
La modernisation de la ligne Brno - Přerov devrait être achevée en 2031, soit un retard de six ans par rapport au plan initial. L'achèvement de la ligne Prague - Kladno avec une connexion à l'aéroport Václav Havel de Prague a été reporté de quatre ans, à 2029. Les coûts de modernisation de deux étapes de cette ligne ont été actuellement fixés par SŽ à 42,7 milliards de couronnes tchèques, soit 13,1 milliards de couronnes tchèques de plus que les hypothèses initiales. Cela est dû, entre autres, à une modification de la conception technique des tunnels forés ou à la création de nouveaux passages souterrains.
L'administration des chemins de fer n'est toutefois pas d'accord :
"Malheureusement, nous devons constater que l'audit a comparé des quantités incomparables en termes d'étendue des activités et de la construction, en termes de temps, d'étendue de la conception technique et de prix réels. Dans certains cas, des solutions plus exigeantes sur le plan technique et donc plus coûteuses pour l'exécution des travaux ont été mises en œuvre simultanément", s'oppose l'administration des chemins de fer.
Selon le SAO, compte tenu de l'augmentation de 95 % des coûts des projets prioritaires, il existe un risque de ne pas pouvoir obtenir suffisamment de fonds pour mener à bien tous ces projets.
Le SAO a examiné en détail 15 des 156 projets visant à la reconstruction, à la modernisation, à la revitalisation et à l'augmentation de la vitesse des lignes. La valeur des projets contrôlés s'élevait à près de 105 milliards de couronnes tchèques. Dans sept des projets contrôlés, la procédure de planification ou de construction a été retardée parce que SŽ a présenté une demande incomplète et que la procédure a dû être interrompue. Le plus souvent, le consentement des propriétaires des terrains concernés par la construction faisait défaut. Par exemple, le projet "Revitalisation de la ligne Rokycany - Nezvěstice" a mis près de quatre ans pour achever la procédure de planification.
Sur les 15 projets audités, cinq ont à ce jour atteint les objectifs d'augmentation de la vitesse sur la ligne ou de réduction des temps de parcours. Deux projets n'ont pas encore atteint les objectifs et les huit autres n'ont pas pu être vérifiés car ils n'ont pas encore été achevés.
